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Buenas, veo que nadie ha sabido contestarte por el momento... lo haré yo, espero ayudar si no es demasiado tarde ;)
Las principales diferencias son que en el ciclo Biogeoquímico se reciclan elementos químicos como el hidrógeno, carbono, sodio, oxígeno, nitrógeno, etc... necesarios para conservar la vida en la Tierra, y en el ciclo del agua, pues simplemente ocurre en la evaporación de la misma, formando las nubes y la lluvia, caer a la tierra, realizar su propio recorrido y volver a empezar. (Sólo se recicla el agua, a diferencia de los Biogeoquímicos, en los cuales se reciclan todos los elementos químicos) Sus diferencias, Bueno, eso te servirá para entenderlo... Se parecen en que los elementos siempre se reciclan, es decir, que vuelven a su estado original pese haber completado un ciclo para volver a empezar el recorrido. Tanto los elementos Biogeoquímicos, como el agua necesitan realizar estos ciclos para mantener la vida en la tierra.

Espero ayudar, mucha suerte 

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Explicación: Las principales diferencias son que en el ciclo Bioquímico se reciclan elementos químicos como el hidrógeno, carbono, sodio, oxígeno, nitrógeno, et... ... Tanto los elementos Bioquímicos, como el agua necesitan realizar estos ciclos para mantener la vida en la tierra